Niewłaściwa interpretacja zjawisk molekularnych, to woda na młyn dla wniosków neodarwinistów na przykład zajmujących się filogenetyką molekularną

QQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQ

Naukowcy badający transpozony doszli do wniosku, że są to pasożyty genetyczne i jeżeli dwa różne ulokowały się w tych samych miejscach genomów u dwóch różnych gatunków organizmów, to zdaniem tych naukowców te dwa organizmy musiały mieć wspólnego ewolucyjnego przodka, u którego badany transpozon zintegrował się z analogiczną sekwencją jego genomu. Badając różne gatunki i porównując ich sekwencje genetyczne – na podstawie takiego wnioskowania – założono, że walenie (delfiny, orki, wieloryby) i zwierzęta parzystokopyne są najbliżej spokrewnione filogenetycznie. Hipopotama uznano za najbliższego krewniaka współczesnych waleni. Jak się okazało transpozony grają istotną rolę podczas procesu regulacji ekspresji genów. U różnych gatunków wielokomórkowych, na różnych etapach ontogenezy (rozwoju osobniczego), ta regulacja przebiega bardzo podobnie. Uczeni ustalili, że pewne transpozony potrafią się ingerować w konkretnych miejscach genomu, tzw, gorących miejscach, wielokrotnie i powtarzalnie (nieprzypadkowo) u różnych gatunków, co może powodować mylne wnioski filogenetyków molekularnych. Jest więc to element fizjologii wielokomórkowców w oparciu o naturalną biotechnologię komórkową (normę reakcji na środowisko), a nie przypadkowy mechanizm neodarwinowski.

Jak się okazuje aktywność transpozonów – które spełniają określone role w organizmie – jest regulowana przez komórkę. Oczywiście niektóre wnioski uczonych, które wtłoczyli w paradygmat neodarwinowski należy traktować z przymrużeniem oka. Ponieważ są to jedynie dowolne interpretacje nowych odkryć. Z pewnością zaburzenia w regulacji aktywności transpozonów przyczyniają się do ubocznych skutków dla organizmu, jak w przypadku każdych szkodliwych mutacji.

http://biotechnologia.pl/biotechnologia/doniesienia-naukowe/cenp-b-reguluja-aktywnosc-transpozonow,11209

CENP-B regulują aktywność transpozonów

Ruchome elementy genetyczne, transpozony i ich pozostałości stanowią zasadniczy element genomów komórek eukariotycznych. Genomy wypracowały mechanizmy odporności, w tym modyfikacje chromatyny i interferencję RNA, aby regulować aktywność transpozonów.
Grewal i wsp. opisali mechanizm nadzoru retrotranspozonów poprzez aktywność powstających dzięki transpozazie homologów białek centromerycznych CENP-B w drożdżach rozszczepkowych Schizosaccharomyces pombe. Homologi CENP-B u Schizosaccharomyces pombe lokalizuje sie na histonach a odpowiadają one za rekrutację deacetylaz histonowych co prowadzi do wyciszenia retrotranspozony Tf2. CENP-B powodują wyciszenie aktywności długich powtórzeń terminalnych (long terminal repeats – LTR) i genów z nimi związanych. Tf2 są skupione w strukturach nazywanych „Tf bodies”, a ich organizacja zależy od CENP-B.
Co więcej, CENP-Bs zabezpieczają „wyciszone” retrotranspozony tf1 przed powtórnym osiągnięciem genomu komórki, poprzez hamowanie ich rekombinacji z zabezpieczonym Tf2 oraz wyciszają i immobilizują elementy zintegrowane ulegające depozycji w „Tf bodies”. Wyniki grupy badawczej przedstawione w ostatnim Nature pokazały prawdopodobna, starożytną ewolucyjnie drogę nadzoru komórkowego nad retrotranspozonami ważną dla integralności genomu gospodarza. Co więcej, badacze naświetlili problem potencjalnych konfliktów między transpozonami DNA i rertrotranspozonami, głównymi elementami ruchomymi komórki, które najprawdopodobniej modulują ewolucję genomu eukariotycznego.

Źródło:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1461688/

An ancient retrovirus-like element contains hot spots for SINE insertion Vertebrate retrotransposons have been used extensively for phylogenetic analyses and studies of molecular evolution. Information can be obtained from specific inserts either by comparing sequence differences that have accumulated over time in orthologous copies of that insert or by determining the presence or absence of that specific element at a particular site. The presence of specific copies has been deemed to be an essentially homoplasy-free phylogenetic character because the probability of multiple independent insertions into any one site has been believed to be nil. Mys elements are a type of LTR-containing retrotransposon present in Sigmodontine rodents. In this study we have shown that one particular insert, mys-
is an extremely old insert present in multiple species of the genus Peromyscus. We have found that different copies of this insert show a surprising range of sizes, due primarily to a continuing series of SINE (short interspersed element) insertions into this locus.

We have identified two hot spots for SINE insertion within mys-9 and at each hot spot have found that two independent SINE insertions have occurred at identical sites.

Dodatki:

Elementy ruchome genomie

http://laboratoria.net/artykul/12318.html

Elementy ruchome w genomie zostały po raz pierwszy odkryte w latach 40 – tych zeszłego stulecia przez amerykańską genetyk Barbarę McClintock. Obecnie wiadomo, że występują one nie tylko u kukurydzy, ale u wszystkich organizmów żywych począwszy od bakterii a na człowieku kończąc. Dzielą się one na dwie grupy ze względu na sposób przemieszczania. Transpozony DNA przemieszczają się bezpośrednio na zasadzie transpozycji replikacyjnej, skutkującej powieleniem sekwencji transpozonu bądź konserwatywnej, powodującej zmianę położenia sekwencji w genomie. Drugą grupą są transpozony RNA, rozprzestrzeniające się za pośrednictwem RNA. U człowieka sekwencje ruchome stanowią niemalże 50 % genomu, z czego 90 % to retrosekwencje. Mimo, że wielu naukowców uważa, że jest to tylko pozostałość po przodkach, okazuje się, że mają one duże znaczenie zarówno dla kreowania zmienności genetycznej, jak i dla funkcjonowania organizmu.

Zobacz też:

http://pl.wikipedia.org/wiki/Transpozon

Transpozon − sekwencja DNA, która może przemieszczać się na inną pozycję w genomie tej samej komórki w wyniku procesu zwanego transpozycją. Transpozycja często powoduje mutacje i może zmieniać ilość DNA w genomie. Transpozony są także nazywane „wędrującymi genami” lub „skaczącymi genami” (ang. jumping genes) oraz „mobilnymi elementami genetycznymi” (ang. mobile genetic elements). Za badania nad transpozonami u kukurydzy, powodującymi zmiany ubarwienia nasion, Barbara McClintock otrzymała Nagrodę Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny w roku 1983.

http://pl.wikipedia.org/wiki/Retrotranspozon

Rozróżniamy dwie klasy transpozonów:

transpozony klasy I – retrotranspozony: rozprzestrzeniają się, wykorzystując mechanizm transkrypcji na RNA, a następnie przepisania na DNA za pomocą odwrotnej transkryptazy i integracji tak powstałego DNA w inne miejsce genomu;
transpozony klasy II: przemieszczają się w genomie poprzez wycinanie
z pierwotnego położenia, następnie „wklejanie się” w nowe miejsce z
udziałem transpozazy.

Retrotranspozycja może być przyczyną chorób genetycznych, jeśli integracja spowoduje uszkodzenie genu. Odwrotna transkryptaza elementów LINE prawdopodobnie odgrywa rolę w powstawaniu niektórych nowotworów, ale także w normalnym rozwoju embrionalnym u myszy. Sekwencje pochodzące z retrotranspozonów wykorzystywane są jako sekwencje regulatorowe niektórych genów..

Skomentuj

Please log in using one of these methods to post your comment:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s